但分别在不同时间缴纳契税，是否算二套房？

婚后缴契税算二套房。依据《婚姻法》等，婚前房产属个人财产，不因结婚变为共同财产，故婚后购房算二套。不及时处理可能导致税务问题。
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处理方式有咨询税务部门或房产中介。建议根据具体情况选择，如不确定契税缴纳情况，先咨询税务部门；若涉及房产过户等，可咨询房产中介。
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婚后缴契税算二套。处理如下：1.咨询税务部门，了解契税缴纳规定，确认是否算二套房。2.如算二套房，需了解二套房的税务政策，如契税税率等。3.若涉及贷款，还需咨询银行关于二套房的贷款政策。4.根据实际情况，决定是否继续购房或调整购房计划。